Mochtar Naim, secara keilmuan mendalami dengan baik aneka persoalan Minangkabau dari perspektif Minangkabau sendiri. Beberapa pikirannya yang dominan, dapat dibagi ke dalam tiga kelompok besar, yakni sistem Matrilin­eal, Merantau dan sistem pemerintahan terendah di Minangkabau, Nagari. Salah satu karyanya Merantau: Pola Migrasi Suku Minangkabau adalah bukti posisi dan sumbangan istimewanya terhadap pengetahuan yang lebih jembar tentang dunia Minangkabau.